Автором первоначального проекта Янтарной комнаты считается А. Шлютер - главный архитектор прусского королевского двора, занимавший эту должность с 1699 года. В процессе перестройки Большого королевского дворца в Берлине для Фридриха I у А. Шлютера возникает идея использовать в отделке одной из дворцовых комнат янтарь - материал, ранее не применявшийся в оформлении интерьера. Осуществлению замысла помогло то, что в дворцовых кладовых хранилась большая королевская коллекция янтаря, в которую входили три богато орнаментированные янтарные рамы с зеркалами, выполненные в XVII веке немецкими мастерами. Для работы с янтарем архитектор пригласил из Копенгагена Г. Вольфрама, придворного мастера датского короля Фридриха IV. В апреле 1701 года Г. Вольфрам с рекомендательным письмом приезжает в Берлин и приступает к работе. Однако осуществить задуманный проект удается лишь наполовину, так как вскоре А. Шлютер был отстранен от работ и покинул Берлин.

Придворным архитектором прусского короля становится швед Э. фон Гете. Отношения с янтарным мастером у него не складываются, и Г. Вольфрама тоже отстраняют от работ. В соответствии с новым замыслом короля, янтарный кабинет решено устроить в замке Шарлоттенбург, куда перевозятся уже готовые янтарные панели. В 1707 году договор на продолжение работ заключается с двумя приглашенными из Данцига мастерами - Г. Турау и Э. Шахтом. Этот этап создания янтарной комнаты длится около пяти лет. В 1713 году после смерти Фридриха I работы прекращаются. Новому прусскому королю Фридриху Вильгельму I янтарный кабинет оказался ненужным: все янтарные архитектурные детали были отвезены в берлинский Цейхгауз и преданы забвению.

Слухи о необычном кабинете доходят до России. Императору Петру I захотелось получить янтарный кабинет для своей Кунсткамеры. В 1716 году по дороге во Францию он встречается с Фридрихом Вильгельмом I в Габельберге, недалеко от Берлина. Петр I получает от прусского монарха в качестве дипломатического подарка янтарный кабинет и яхту "Либурника". Через два года русский царь посылает ответный подарок - 55 гренадеров и кубок собственной работы. Отправкой янтарного кабинета в Россию руководил русский посланник при прусском дворе граф А. Головкин. 18 ящиков с янтарем были погружены на восемь телег и отправлены сначала в Кенигсберг, а затем в Мемель. Они пробыли в пути шесть недель. 6 января 1717 года по поручению императора Петра I и обер-гофмейстер курляндской герцогини Анны Иоановны П. Бестужев-Рюмин встретил груз в Мемеле и отправил в Ригу, а оттуда - в Петербург. Санкт-Петербургский генерал-губернатор А. Меншиков принял и распаковал ящики, используя инструкцию, приложенную к полученному драгоценному грузу. Однако привезенный с большими предосторожностями в Россию янтарный кабинет так и не был смонтирован при жизни Петра I. Установка кабинета в том виде, в каком он прибыл в Петербург, была практически невозможна, так как не хватало многих деталей. Впоследствии янтарные панно на протяжении целого ряда лет находились в так называемых людских покоях Летнего дворца, где располагалась своего рода домашняя "кунсткамера" императора. Очевидно, они были просто расставлены вдоль стен одной из комнат этой постройки.

При вступлении на престол, императрица Елизавета Петровна решила использовать позабытый янтарный кабинет для убранства одного из покоев своей официальной резиденции - Третьего Зимнего дворца. Она поручила заняться этим своему обер-архитектору Ф. Б. Растрелли. Для починки и установки янтарных деталей в феврале 1743 года приглашается итальянский мастер А. Мартелли. Однако для отделки стен интерьера в Зимнем дворце янтарных деталей не хватает, поэтому Ф. Б. Растрелли использует зеркальные пилястры и расписывает дополнительные панно "под янтарь". В 1745 году Фридрих II дарит императрице Елизавете Петровне недостававшую в первоначальном декоре кабинета четвертую раму, исполненную по проекту А. Рейха. В ходе реконструкции дворца Янтарную комнату неоднократно переносили с места на место. Собранная в 1746 году, она стала служить для официальных приемов.

В июле 1755 года императрица Елизавета Петровна приказала Ф. Б. Растрелли перенести Янтарную комнату в Большой дворец Царского Села. Начальнику канцелярии императорского двора В. Фермору поручили бережно разобрать кабинет в Зимнем дворце и уложить в ящики. Из Царского Села была прислана специальная команда, которая на руках перенесла ящики из Зимнего дворца в Царское Село.

Для оформления интерьера в царскосельском дворце янтарных деталей опять не хватает, и поэтому части стен были затянуты холстом и расписаны "под янтарь" художником И. Бельским, а также введены зеркальные пилястры и деревянный резной декор. Для установки янтарных панно вновь приглашается А. Мартелли.

Учитывая хрупкость материала и частые осыпи янтаря, для комнаты был выделен специальный смотритель, который постоянно выполнял небольшие реставрационные работы. В 1758 году на эту должность был приглашен из Пруссии Ф. Роггенбук. Он же возглавил работы по созданию новых янтарных изделий в мастерской Царского Села.

В 1763 году императрица Екатерина II отдает распоряжение о замене расписных холстов в цоколях пилястр и изготовлении десюдепорта восточной стены Янтарной комнаты. Вместе с Ф. Роггенбуком к работе приступили ранее приглашенные в Россию К. Фриде, И. Вельпендорф, подмастерья Г. Фриде, сын Ф. Роггенбука Иоганн и их русские ученики. Были изготовлены восемь филенок под пилястры, десюдепорт и резные детали карниза, в которые включили неиспользованные ранее фрагменты берлинской работы. За 4 года было использовано 450 килограммов янтаря. К 1770 году создание Янтарной комнаты было завершено. Комната получила свой окончательный вид, запечатленный позднее на многочисленных фотографиях. Янтарный убор, занимавший три стены, был расположен в два яруса. Центральный (средний) ярус был составлен из восьми симметричных крупных вертикальных панно. В четырех из них установили картины из цветных камней, исполненные в 50-х годах XVIII века во Флоренции в технике флорентийской мозаики по проекту художника Д. Дзокки и изображавшие пять природных чувств: Зрение, Вкус, Слух, Осязание и Обоняние. Расстояние между большими панно заполняли высокие зеркальные пилястры. Нижний ярус комнаты покрывали прямоугольные янтарные панно. В юго-западном углу был вмонтирован маленький янтарный столик на изящно изогнутой ножке. Убранство комнаты состояло из наборных комодов русской работы и китайского фарфора. В застекленных витринах Янтарного кабинета хранилось одно из самых значительных в Европе собраний янтарных изделий XVII-XVIII веков немецких, польских и петербургских мастеров.

Резкие перепады температуры, печное отопление и сквозняки разрушали янтарный убор. В XIX веке трижды проводилась реставрация - в 1833, 1865, 1893 - 1897 годах. В 1933-1935-х годах небольшие реставрационные работы в Янтарной комнате велись скульптором И. Крестовским. Серьезная реставрация намечалась на 1941 год.

В первые дни Второй мировой войны, когда в Екатерининском дворце началась эвакуация музейных ценностей, из-за хрупкости панелей Янтарной комнаты было решено не вывозить их, как другие музейные экспонаты, вглубь страны, а произвести их консервацию на месте, не снимая со стен. Панно оклеили сначала бумагой, затем марлей и ватой.

Вместе с немецкими частями, ворвавшимися в г. Пушкин (Царское Село), прибыли специалисты из команды "Кунсткомиссион". Оккупанты демонтировали и отправили панно в Кенигсберг. В дарственной книге Кенигсбергского музея под номером 200 было записано, что комната подарена музею Германским государственным управлением дворцов и садов. Похищенные янтарные панно и двери были смонтированы в одном из залов третьего этажа Кенигсбергского замка. Директор музея А. Роде в 1944 году писал, что Янтарная комната, вернувшись на свою родину, является лучшим украшением Кенигсбергского музея. Это было последнее место, где демонстрировалась Янтарная комната. При отступлении немцев панно снова были разобраны и не позднее 6 апреля 1945 года вывезены в неизвестном направлении. С этого времени следы комнаты теряются. Ее поиски пока безрезультатны, однако некоторые фрагменты убранства Янтарной комнаты удалось возвратить . В данный момент Янтарная комната восстановлена и открыта для просмотра.