В древности сэппуку не было распространено в Японии; чаще встречались другие способы самоубийства — самосожжение и повешение. Как обычай, сэппуку возникает во второй половине XII века, во время войны Гэмпэй между кланами Тайра и Минамото. Cэппуку быстро прививается среди военного сословия и становится почётным для самурая способом покончить счёты с жизнью.

Сэппуку состояло в том, что самоубийца прорезал живот поперёк, от левого бока до правого или, по другому способу, прорезал его дважды: сначала горизонтально от левого бока к правому, а потом вертикально от диафрагмы до пупка. Впоследствии, когда сэппуку распространилось и стало применяться в качестве привилегированной смертной казни, для него был выработан особый сложный ритуал, один из важных моментов которого состоял в том, что помощник невольного самоубийцы, обыкновенно его лучший друг, одним взмахом меча отрубал ему в нужный момент голову, так что сэппуку по сути сводилось к ритуальному обезглавливанию.

Между обезглавливанием по сэппуку и обыкновенным обезглавливанием установилась юридическая разница, и для привилегированных лиц, начиная с самураев, смертная казнь заменялась в виде снисхождения смертью через сэппуку, то есть смертной же казнью, но только в виде ритуального обезглавливания. Такая смертная казнь полагалась за проступки, не позорящие самурайской этики, поэтому она не считалась позорной, и в этом было её отличие от обыкновенной смертной казни. Такова была её идеология, но в какой мере она осуществлялась на практике, сказать трудно. Фактом остаётся только то, что сэппуку в виде казни применялось лишь к привилегированному сословию самураев и т. д., но никоим образом не к классам населения, считавшимся ниже самураев.

Это официальное применение сэппуку относится к более позднему времени, а именно к токугавскому периоду сёгуната, но независимо от него этот способ самоубийства в частном его применении получил очень широкое распространение во всей массе населения, почти став манией, и поводами для сэппуку стали служить самые ничтожные причины. После реставрации 1868 г. с началом организации государственного строя на европейский образец и начавшимся под давлением новых идей изменением всего вообще уклада жизни, официальное применение сэппуку в конце концов было отменено, а вместе с тем и частное его применение стало выводиться, но не вывелось совсем. Случаи сэппуку нередко встречались и в XX веке, и каждый такой случай встречался скрытым одобрением нации, создавая по отношению к некоторым применившим сэппуку лицам более видного положения ореол славы и величия.

Идеология
В чем же состоит идеология самоубийства путём сэппуку? Hекоторые объясняют это связью с тем создавшимся на Востоке представлением о том, что сердце человека, его душа, находится в животе. (Из-за этого и возникла масса выражений, описывающих разные душевные состояния и использующих для этого слово «живот», по-японски хара [фуку]; например, харадацу — «ходить с поднявшимся животом» — «сердиться», хара китанаи — «грязный живот» — «низкие стремления», хара-но курои хито — «человек с черным животом» — «человек с черной душой», хара-но наи хито — «человек без живота» — «бездуховный человек» и т. д.) Поэтому сэппуку считается вскрытием живота в целях показать чистоту, незапятнанность его содержимого — сердца, души — иначе, свою внутреннюю правоту; другими словами, сэппуку является последним, крайним оправданием себя перед небом и людьми.

Возможно, что это и так, но не менее возможно и то, что возникновение этого обычая вызвано причинами более практического характера, а именно постоянным наличием при себе орудия самоубийства — меча; вспарывание живота мечом являлось очень действенным средством, и после такой страшной раны остаться в живых уже было невозможно. Некоторая аналогия этому есть и в Европе: обычай древнего Рима бросаться на меч тоже возник не в силу какой-нибудь особой идеологии этого явления, а просто в силу того, что меч был всегда при себе. И как на Западе, так и на Востоке применение меча для самоубийства началось именно среди того класса, который имел этот меч постоянно при себе, то есть среди военных.