События The Movie уносят нас в 2005 год. Гигантская планета – Юникрон странствует по Галактике, пожирая всё на своём пути.
А в это время злобные десептиконы атакуют базу автоботов на Земле. Застигнутые врасплох автоботы просят о помощи. Им на выручку прибывает бесстрашный воин – Оптимус Прайм. Только ценой своей жизни ему удаётся победить могучего Мегатрона. Умирая, он выбирает своим приемником на посту шефа автоботов – Ультра Магнуса и передаёт ему Матрицу, которая нечаянно падает из рук Оптимуса и юный Хот Род успевает поймать её до того, как она падает на пол.
Остатки армии Мегатрона в спешке улетают с Земли. Безжалостный Скандалист решает избавиться от своего смертельно раненного врага - Мегатрона, выбросив его за борт и, провозглашает себя новым лидером.
Мегатрон дрейфует в открытом космосе, до тех пор, пока его не находит Юникрон. Дьявольская планета предлагает сделку: она даст Мегатрону новое тело, если тот согласится уничтожить Матрицу автоботов, единственную вещь, которая способна причинить вред Юникрону.
Так бывший командир десептиконов становится Гальватроном и вместе с новыми солдатами отправляется сначала на Кибертрон, чтобы убить бунтовщика Скандалиста, а затем, объединившись с остальными десептиконами, наносит удар по автоботам на Земле, которые во главе с Ультра Магнусом собирались атаковать Юникрона (который к этому времени уже успел съесть две луны Кибертрона). Но после неожиданного нападения на них, автоботы в спешке покидают базу на двух космических кораблях.
Гальватрон преследует корабль Ультра Магнуса, но тому удаётся ускользнуть за считанные секунды до того, как десептикон взрывает его большую часть. Главный шатл автоботов приземляется на планету под названием – Джанк (Junk), где обитают роботы, которые сделаны из мусора. Там десептиконы настигают их и Гальватрон отбирает Матрицу у Ультра Магнуса.
Второй шатл управляется молодым Хот Родом и опытным воином Капом. Вместе с ними летят и Диноботы. Автоботы падают на планету населённую рыбо-роботами и другими существами. Вскоре Хот Род и Кап оказываются взятыми под стражу и предстают в суде перед незнакомым пятилицым чудовищем – Квинтессоном. Но Диноботы приходят им на помощь и вместе они настраивают роботов-пираний против их хозяина.
Друзья находят корабль квинтессонов и вскоре соединяются с остальными автоботами на планете Джанк. Хот Род с помощью межгалактического приветствия становится другом Джанкионам, которые помогают починить Ультра Магнуса и предлагают свой корабль для нападения на Юникрона.
Автоботы отправляются на решающую битву с Юникроном, а тем временем Гальватрон пытается использовать Матрицу против планеты-пожирателя, которая трансформировалась в гигантского робота и заглотила внутрь остальных десептиконов.
Хот Род на корабле врезается чудовищу прямо в глаз и попадает во внутренние системы Юникрона. Автобот встречает Гальватрона на своём пути и пытается отобрать у него Матрицу, которая, попав в руки Хот Рода, превращает его в Родимуса Прайма, настоящего лидера автоботов. Родимус отправляет Гальватрона в космос и, используя обретённую силу, уничтожает Юникрона.
Автоботам, к их величайшей радости, удаётся отвоевать назад родную планету Кибертрон.
Таким образом, победа в этой битве оказывается на стороне автоботов. Но что ждёт их дальше? Справится ли Родимус Прайм с возложенными на него обязательствами?